伊曲康唑主要应用于深部真菌所引起的系统感染，如芽生菌病、组织胞浆菌病、类球孢子菌病、着色真菌病、孢子丝菌病、球孢子菌病等。也可用于念珠菌病和曲菌病。

伊曲康唑的临床应用：

口服伊曲康唑用于治疗浅表真菌感染：每日1次，每次0.1g～0.2g于餐时服，疗程7或15日。甲癣病短程间歇疗法；每次口服0.2g，每日2次，连服7日，停药3周为一疗程。指甲癣病按此法用2个疗程；趾甲癣病则用3个疗程。花斑糠疹、阴道念珠菌病、真菌性角膜炎：口服，每日1次0.2g，分别给药5日、3日及3周。系统深部真菌感染：口服，开始每日0.2g，疗效不佳时可加至每日0.4g，根据临床和检验结果确定用药期的长短。